Das Gemeindegebiet von Urtenen-Schönbühl liegt im sanft gewellten Mittelland östlich des Moossees. Im Nordwesten wird es von den bewaldeten Hügelzügen des Bubenloowaldes begrenzt. Gegen Südosten erhebt sich markant der Urtenenberg.

Die Siedlung Urtenen und der ehemalige Weiler Schönbühl sind auf einem Moränenhügel entstanden. Das Schönbühl liegt eingezwängt zwischen Torfböden, die vor der Gewässerkorrektur 1920 oft überflutet waren.

Kleiner und Grosser Moossee bilden die Überreste des Wasserbeckens, welches einstmals das ganze Tal ausgefüllt hat. Schönbühl liegt am Rande dieses Seeausläufers. Die beiden Seen stehen seit 1954, resp. 1963 unter Naturschutz. Eine Erweiterung des Schutzbeschlusses ist in Arbeit.

Mit der Gewässerkorrektur in den Jahren 1918-1920 wurde der Boden rund um das Siedlungsgebiet des Moossee- und Urtenenbachtales trockengelegt und so zusätzliches Kulturland gewonnen. Zusammen mit den Fluren auf den Möränenböden im Norden der Gemeinde werden die Felder auch heute noch landwirtschaftlich bewirtschaftet.